漢方薬の副作用でわりと多いのは胃腸症状です。
吐き気、食欲不振、もたれ、腹痛､下痢などです。
地黄（ジオウ）、当帰（トウキ）、川きゅう（センキュウ）、山梔子（サンシシ）、大黄（ダイオウ）、芒硝（ボウショウ）などが配合される漢方薬でよくみられます。
一時的な吐き気や食欲不振は、ニガミや臭い、胃粘膜への刺激による反射性のものが多く、しだいに慣れてくることもあります。
食前の服用から食後に変更することもできますから、医師と相談してみてください。
腹痛と下痢は、大黄もしくは芒硝によるものが多いのですが、その他の方剤でも腸内細菌のバランスの変化により下痢を起こすことがあるようです。
胃腸症状のほかはめったにありませんが、甘草（カンゾウ）という生薬により、浮腫（むくみ）を生じたり血圧が上がってしまうことがあります。
とくに、これを多量に含む芍薬甘草湯（シャクヤクカンゾウトウ）の長期服用時、あるいは複数の方剤の長期併用時に注意が必要です。
そのほか、人によってはアレルギー症状を起こすことがあります。
発疹や肝機能の異常、あるいは膀胱炎のような症状となってあらわれます。
きわめてまれですが、柴胡剤（サイコザイ）による重い間質性肺炎や肝障害も報告されています。
麻黄を含む方剤 → 動悸（ドキドキ）、不眠
大黄を含む方剤 → 腹痛､下痢、耐性（効きが悪くなる）、かえって便秘
芒硝を含む方剤 → 腹痛､下痢、浮腫（むくみ）
地黄を含む方剤 → 吐き気、もたれ、食欲不振
甘草を含む方剤 → 浮腫（むくみ）、血圧上昇
附子を含む方剤 → 吐き気、ほてり、しびれ、発汗、動悸
柴胡剤など → アレルギー症状（発疹、肝機能異常、肝障害、間質性肺炎、膀胱炎など）